Petra Wagner war Mitbegründerin und von 2000 bis 2024 Leiterin der Fachstelle Kinderwelten für Vorurteilsbewusste Bildung und Erziehung im ISTA/ INA Berlin gGmbH. Von 2011–2021 war sie Direktorin des ISTA. Seit 2025 ist sie als Beraterin im Institut Kinderwelten für diskriminierungskritische Bildung e.V. tätig. Zudem hat sie zahlreiche Publikationen zu Theorie und Praxis von Inklusion, Demokratiebildung, Mehrsprachigkeit, Vorurteilsbewusste Bildung und Erziehung in der Kita.